Sankaran和Walt的研究揭示了令人关注的发现：在调查的131例假性囊肿中，高达30%的患者出现了并发症，其中包括感染、涉及相邻血管或内脏，以及囊肿的穿孔。
假性囊肿无疑是疾病中最常见的并发症之一。当发生变性，腹水会从腹管或裂口渗入腹腔，引发腹水。周围的淋巴管堵塞也会导致淋巴外渗，进一步导致腹水的形成。正常情况下，腹膜能够吸收大量的液体，但在腹水的影响下，以及纤维组织增生、炎症细胞浸润和弹性纤维病变等因素的作用下，液体无法被大量吸收，从而在腹腔内积聚。
在研究中，还发现胰假胸水的存在与胰囊肿并存的情况高达50%。如果胰液通过横膈膜淋巴管扩散到胸部，可能会刺激胸膜或在囊肿与胸部之间形成管道，从而导致胸水的产生。这种胸水多数出现在左侧。
尽管出血是假性囊肿中较为罕见的并发症，但却是最危险的。出血可能是由于囊肿内血管破裂、囊肿侵入胃肠壁、食管静脉曲张破裂并发门脉或脾静脉梗阻、囊肿侵入胆道出血或假动脉瘤破裂等原因引起的。当囊内发生出血时，囊肿会急剧增大，并可能听到血流声。如果囊肿突然增大并伴有全身失血的症状，应及时进行动脉造影检查。这时，通常需要进行紧急手术，包括囊肿切除术或打开囊肿结扎出血的血管，并进行囊肿引流。
胰假性囊肿还可能侵蚀，通过胰液从囊肿溢出、消化，或由于脾移位组织发炎、并发脾静脉血栓形成等原因导致脾死区液化。在这种情况下，应尽早进行脾切除术和远端切除术。
囊肿也有可能自发穿孔或破裂附近的内脏，常常并发胃肠道出血。如果假囊肿破入胃、十二指肠、结肠等，可能并无明显症状，此时虽可能对患者没有直接危险，但有效的排水措施是必要的。而若囊肿破裂进入腹腔，情况则十分危急，患者可能出现休克，死亡率高达18%到80%。
除了上述并发症，假性囊肿还可能引发黄疸和腹泻。假性囊肿压迫胆总管可能引起梗阻性黄疸，而假囊肿有时也会导致严重腹泻。这些症状都需要密切关注和及时的治疗。